一、国家中医药管理局重点学科（20个）：
伤寒学、中医文献学、方剂学、中医诊断学、中医脾胃病学、中医骨伤科学、中医康复学、中医护理学、针灸学、中药化学、中西医结合临床、内经学、中医急诊学、中医养生学、推拿学、中药分析学、临床中药学、中西医结合基础、中医心理学、中医预防医学
二、福建省A类高峰学科（2个）：
中西医结合、中医学；
三、福建省高原学科（3个）：
中药学、护理学、药学
四、福建省应用型学科（2个）：
临床医学、管理学
五、福建省重点学科（7个）：
中西医结合、护理学、康复医学、临床医学、药学、中药学、中医学
六、福建省特色重点学科（2个）：
中西医结合、临床医学（康复医学方向）
七、福建省高校优势学科创新平台培育项目（1个）：
康复技术与药物研发创新平台