1、标志体现地缘文化特点。标志主体由抽象化字母“F”“J”和太极图组合变化构成。“F”“J”各为“福”“建”汉语拼音的首位字母，突出福建中医药大学的地域特征。太极图阴阳合抱的造型是传统中医的象征性标志，它体现了中医阴阳和谐的理念。
2、标志寓示中医院校使命。标志主体似诊脉之手，喻示福建中医药大学秉承中医传统，以救死扶伤为己任；标志又似扶携之手，喻示福建中医药大学传道、授业、解惑，带领莘莘学子走进中医的学术殿堂；标志又似传播之手，喻示福建中医药大学肩负弘扬祖国医学的重任，向世界传播中医药知识。
3、标志突出办学理念特色。标志主体形成浪花造型，展示了福建中医药大学独特的地域优势，努力为海内外学术交流作出积极贡献；跃动的浪花还体现福建中医药大学不断推陈出新，努力将学校建设成为现代外向型中医药大学。
4、标志展现古今融合内涵。标志主体运用传统的赭红色，既具有浓郁的民族特色，又与旗山校区的建筑用色相吻合；同时标志富有时代气息，暗喻学校是一所传统与现代相结合的高等院校。
5、1958年为学校的创立时间。